משרד התחבורה העמיד לרשות הנהלת רכבת ישראל את התקציב הדרוש להשלמת עבודות התשתית לקו הרכבת אשקלון – באר שבע. גם בתחילת שנת 2012, נתבשרו אנשי רכבת ישראל כי התקציב שהובטח – יעמוד במלואהו רשות החברות הקבלניות העוסקות בהנחת התשתית לקו הרכבת ובכלל זה יציקת הגשרים והקמת תחנות הרכבת החדשות מול שדרות ונתיבות.
בקטעים רבים, בעיקר באזור ארז- יד מרדכי בואכה צומת מבקיעים, כבר הושלמו עבודול הבתשתית, המאפשרות לחדש את עבודות הנחת מסילות הברזל בקטעים הללו. גשרים חדשים נבנים עתה מעל ערוץ נחל שיקמה וסמוך לצומת ניר עם, בצידי הכביש בין יד מורדכי לצומת גבים.